@materiales: mira yo tuve el mismo problema, probé lo que mencionan los compañeros, pero continuo sin funcionar cydia, lo que hice fue lo siguiente:
1.- OJO, primero le pedí un iphone a un amigo segui la ruta private>etc>apt>sources.list.d copie los archivos a el escritorio de mi máquina, que el tenía (me aseguré que cydia corriera bien en su iphone)
2.- En mí iphone segui la misma ruta private>etc>apt>sources.list.d, dentro de source list y borre todo
3.- Reinicie el iphone, ya debe de correr cydia, pero no hay contenido, es lo que se borro previamente.
4.- Volver a conectar via SSH y copiar dentro de la ruta private>etc>apt>sources.list.d los archivos que se copiaron en el paso 1
5.- Desconectar y reiniciar el iphone, Cydia correra normalmente, seguramente faltarán algunas sources que se tenían anteriormente, basta con agregar una que funcione perfectamente y automáticamente aparecen las otras.
Ya si no corre Cydia, pues ni modo Santa restauración es tu salvación.
Saludos y suerte.

